Dôveryhodnosť kvalifikovaného elektronického podpisu je zabezpečovaná tzv. stromom dôvery (PKI - Public Key Infrastructure). Základňa stromu je tvorená držiteľmi kvalifikovaných certifikátov, stred kvalifikovanými poskytovateľmi doveryhodnej služby (ACA) a na vrchole stromu dôvery je koreňová certifikačná autorita (KCA) spravovaná odborom prevádzky sekcie ekonomiky a prevádzky Národného bezpečnostného úradu (viď obrázok).

Dôveryhodná infraštruktúra vydáva podľa §11 ods. 1 písm. b) zákona č. 272/2016 Z.z. o dôveryhodných službách pre elektronické transakcie na vnútornom trhu a o zmene a doplnení niektorých zákonov certifikáty dôveryhodnej službe, ktorej udelil orgán dohľadu kvalifikovaný štatút, ak o vydanie certifikátu poskytovateľ dôveryhodnej služby požiada.

Pomocou verejného kľúča koreňovej certifikačnej autority je možné overiť pravosť certifikátu kvalifikovanej dôveryhodnej služby a pomocou verejného kľúča kvalifikovaného poskytovateľa dôveryhodnej služby je možné overiť pravosť kvalifikovaného certifikátu klienta a jeho totožnosť.

V rámci stromu dôvery (PKI) sa musí vo všetkých kvalifikovaných certifikátoch a certifikátoch na správu uvádzať objektový identifikátor (OID) certifikačného poriadku (Certificate Policy) platného pre PKI - 1.3.158.36061701.0.0.0.1.2.2.